科教融合存济医学院的主承办单位为干细胞与再生医学创新研究院，共建单位包括动物研究所、微生物研究所、北京基因组研究所、生物物理研究所、遗传与发育生物学研究所、上海生命科学研究院等。存济医学院在理事会的领导下，通过与干细胞与再生医学创新研究院的科教融合，建立由院长、副院长、教研室主任组成的教育管理体系。
