科教融合医学院的主承办单位为中国科学院动物研究所/干细胞与再生医学创新研究院，共建单位包括中国科学院微生物研究所、北京基因组研究所、生物物理研究所、遗传与发育生物学研究所、上海营养与健康研究所、上海巴斯德研究所、分子细胞科学卓越创新中心、武汉病毒研究所、昆明动物研究所、广州生物医药与健康研究院等。医学院在理事会的领导下，通过与动物研究所/干细胞与再生医学创新研究院等培养单位的科教融合，建立由院长、副院长、教研室主任组成的教育管理体系。
