根据学科特点与人才培养需求，存济医学院现阶段将按“学院—教研室”二级体系建设。计划设立基础综合课教研室、生物化学与生理学教研室、医学遗传学与分子生物学教研室、细胞生物学与免疫生物学教研室、医学微生物学教研室、医学基因组学教研室、生殖医学教研室、干细胞生物学教研室及再生医学教研室。未来随着存济医学院的学科发展和人才队伍建设，教学体系将逐步完善，将按“学院—系—教研室”三级体系建设并建成基础医学系、再生医学系、临床医学系等。
现阶段各教研室负责开设研究生专业核心课、专业普及课、专业研讨课和科学前沿讲座，并组织实验课及科研实践等。各教研室将根据本领域的特点、学科发展趋势和今后科研工作对人才知识结构的需求确定课程体系、授课方式和教学大纲，制定教学计划和教学要点，组织授课教师，分配教学任务，监控教学质量，确定考核方式等。组织教学研讨活动，总结教学经验，采取措施帮助教研室内年轻教师的成长，通过各种形式的交流研讨促进相关课程教学质量的提高和教研室成员教学水平的提高。同时组织各种形式的学术交流活动，提高教研室成员的科研水平；对相关课程在教学过程中出现的问题采取措施解决；条件成熟时组织编写教材与参考书。
1. 基础综合课教研室
由动物研究所、微生物研究所、生物物理研究所、遗传与发育生物学研究所、存济医学院、首都医科大学、军事医学科学院、北京大学、中国医学科学院等单位的科研人员组成，负责讲授组织胚胎学、生物信息学应用、医学实验动物学、临床医学概论、医学统计学、模式动物、药物设计方法学、天然药物研究方法学导论、药物开发前沿技术、生物医学前沿讲座、药理学前沿讲座等课程。
教研室主任：彭景楩
教研室成员包括：李磊、田勇、彭景楩、韩春生、王秀杰、娄继忠、张勇、王松灵、徐群渊、胡良平、袁莉、李学兵、李中军、刘宏伟、尹文兵、马晓峰、王宇、范明、叶菲等。
2. 生物化学与生理学教研室
由动物研究所、生物物理研究所、存济医学院等单位的研究人员组成，负责讲授高级生物化学、医学生理学、代谢医学等课程。
教研室主任：钟良玮
教研室成员包括：钟良玮、周光飚、唐铁山、王晋辉、金万洙等。
3. 医学遗传学与分子生物学教研室
由动物研究所、遗传与发育生物学研究所、存济医学院等单位的科研人员组成，负责讲授医学遗传与分子生物学、人类遗传疾病、医学分子生物学实验技术、医学蛋白质组学与代谢组学等课程。
教研室主任：林鑫华
教研室成员包括：林鑫华、陈佺、刘峰、谭铮、王强、赵建国、苗苗、汪迎春等。
4. 细胞生物学与免疫生物学教研室
由动物研究所、微生物研究所、生物物理研究所、存济医学院、上海生命科学研究院等单位的研究人员组成，负责讲授医学免疫学、医学细胞生物学、感染免疫、肿瘤细胞生物学、高级免疫学与病毒学前沿讲座等课程。
教研室主任：赵勇
教研室成员包括：赵勇、赵同标、方敏、杨鹏远、杨建虹、周旭宇、张福萍、王北难、孙钦秒、孙兵等。
5. 医学微生物学教研室
由微生物研究所、北京基因组研究所等单位的科研人员组成，负责讲授医学微生物学、病原微生物学、医学病毒学、病原基因组学、分子诊断技术等课程。
教研室主任：刘翠华
教研室成员包括：刘翠华、施一、温廷益、王北难、孟颂东、李少杰、朱宝利、姜学军、马旅雁、米凯霞、刘文军、叶昕、刘翟、方敏、陈吉龙、尹文兵、方向东、付钰等。
6. 医学基因组学教研室
由北京基因组研究所、北京生科院、存济医学院、军事医学科学院、北京大学、复旦大学等单位的科研人员组成，负责讲授医学遗传学与人类基因组学、遗传咨询入门、生物医学大数据、精准医学、流行病学、基因组学与医学健康、计算基因组学、生命组学与人类基因组进展等课程。
教研室主任：曾长青
教研室成员包括：赵方庆、吕雪梅、苗苗、刘凡、米双利、蔡军、雷红星、方向东、朱云平、高歌、刘雷、曾长青、孙英丽、王前飞、刘欣、张治华等。
7. 生殖医学教研室
由动物研究所、中国农业大学、北京大学第三医院、上海交通大学等单位的科研人员组成，负责讲授生殖生理学、生殖病理学、生殖免疫学、生殖工程学、辅助生殖技术、生殖医学前沿等课程。
教研室主任：王雁玲
教研室成员包括：王红梅、李磊、韩春生、王雁玲、夏国良、高飞、杨慧霞、彭景楩、赵同标、赵勇、赵建国、王皓毅、李伟、乔杰、黄荷凤、段恩奎等。
8. 干细胞生物学教研室
由动物研究所科研人员组成，负责讲授干细胞生物学、干细胞前沿技术、医学发育生物学、干细胞研究进展前沿讲座等课程。
教研室主任：周琪
教研室成员包括：周琪、刘峰、焦建伟、赵同标、李伟、王皓毅、胡宝洋、王宇、曲静、李磊、王强等。
9. 再生医学教研室
由动物研究所、生物物理研究所、化学研究所等单位的科研人员组成，负责讲授再生医学导论、组织工程学、胚胎工程、医学材料学、再生医学前沿讲座等课程。
教研室主任：胡宝洋
教研室成员包括：胡宝洋、刘光慧、刘长梅、唐铁山、滕兆乾、段恩奎、赵同标、李磊、金万洙、赵建国、李伟、高飞、王柳、林海燕、邱东、刘瑞刚、刘礼兵、马跃等。
